Do zadań Niepublicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej działającego obecnie na terenie Zespołu Szkół nr 13 należy głównie zapewnienie zintegrowanych świadczeń zdrowotnych uczniom szkoły,
a w tym:

• Zapewnienie stałej opieki lekarza pediatry a zarazem specjalisty psychiatrii dzieci i młodzieży
• Zapewnienie porad specjalistycznych lekarskich z zakresu rehabilitacji medycznej, laryngologii, stomatologii i innych, które są potrzebne
• Zapewnienie stałej opieki pielęgniarskiej - podawanie leków, higiena, pomoc w nagłych wypadkach (padaczka i inne nagłe objawy), stała kontrola stanu zdrowia szczególnie u dzieci pozostających w złym stanie ogólnym związanym z niepełnosprawnością
• Zapewnienie zabiegów rehabilitacyjnych (masaże, hipoterapia, światłoterapia, usprawnianie ruchowe)
• Zapewnienie pacjentom Ośrodka badań diagnostycznych (analityka, usg, rtg, audiometria) wykonywanych pod opieką personelu Ośrodka
• Zapewnienie stałej opieki psychologicznej i psychoterapeutycznej ze strony psychologów klinicznych w zakresie:    

- wsparcia psychologicznego dla pacjentów Ośrodka, w szczególności dla pacjentów przeżywających kryzys (np. dojrzewanie, kryzys rodzinny)

- wsparcia psychologicznego i psychoterapeutycznego dla rodzin pacjentów (rodziców, rodzeństwa)

- przygotowania i przeprowadzania w uzasadnionych przypadkach interwencji rodzinnych wymagających kwalifikacji psychologa klinicznego (np. choroba psychiczna w rodzinie, śmierć rodzica, pobyt dziecka w szpitalu, przygotowanie do decyzji o ubezwłasnowolnieniu, przygotowanie do decyzji o umieszczeniu w DPS-ie, konflikt rodzinny, rozwód itp.)

- współpraca z klinicznym zespołem terapii rodzin i kierowanie rodzin dysfunkcjonalnych do terapii, przygotowanie rodziny do podjęcia takiej decyzji

- okresowe prowadzenie grup wsparcia dla rodziców

- zapewnienie okresowej pomocy fachowej w domu w sytuacjach trudnych

• Wspólne (z zespołem nauczycieli) ustalanie i omawianie diagnozy klinicznej i pedagogicznej oraz wskazań do terapii i edukacji
• Opracowanie i wdrożenie autorskiego programu preorientacji zawodowej i prób praktycznego przygotowania do wykonywania zawodu dla przyszłych absolwentów Ośrodka
• Realizowanie we współpracy z Urzędem Miasta projektów profilaktycznych i wspierających opiekę zdrowotną nad osobami niepełnosprawnymi w ramach programu "Zdrowy Kraków"
• Podejmowanie perspektywicznych działań,  uświadamiających odpowiednim gremiom  potrzeby dzieci i osób z autyzmem w zakresie opieki medycznej (Narodowy Fundusz Zdrowia, Urząd Miasta, Klinika Psychiatrii, Szpital Psychiatryczny i inne)
• Współpraca z Collegium Medicum UJ w zakresie umiejętności rozpoznawania wczesnych objawów autyzmu przez przyszłych lekarzy oraz edukacji w zakresie wczesnej interwencji
• Organizowanie, wspólnie z personelem Szkoły, dyżurów  zapewniających pacjentom Ośrodka dzienną opiekę medyczno-psychologiczną i rekreację w okresie ferii zimowych i wakacji.